Самое раннее известие о Липицах содержится в грамоте царя Ивана IV к властям города Серпухова от 20 июня 1560 г. — об охране соседствовавших с этим селением лугов Высоцкого монастыря от потравы проезжими людьми. Тогда Липицы были активным пунктом на большой дороге, связывавшей столицу с Тулой и Рязанью, у перевоза через Оку — и числились селом, то есть там, видимо, успела появиться церковь. По местному преданию, вначале приходским центром данной округи было село Саларево, от которого в 1890-х гг. сохранялось лишь воспоминание в виде названия леса в нескольких километрах от с. Липицы.
О бытности в Липицах Благовещенского храма на рубеже XVII-XVIII вв. свидетельствует запись на полях старинной богослужебной книги — Триоди. В этой записи говорится о пожертвовании Триоди в данный храм 4 марта 1700 г. крестьянами приходской деревни Банино Тимофеем Стефановым и его племянником Иваном Варфоломеевым. В то время приход относился к дворцовой волости, которая вскоре перешла во владение петровского канцлера графа Гавриила Ивановича Головкина. Его старанием в 1733-1735 гг. в Липицах был возведён существующий ныне храм Благовещения Пресвятой Богородицы.
Памятной страницею местной истории XVIII в. стали прошедшие здесь детские годы видного церковного иерарха митрополита Московского Платона Левшина (1737-1812), вмиру Петра — сына липицкого священника Георгия Данилова. При рождении будущего митрополита его отец служил причётником в селе Чашниково (ныне в Солнечногорском районе Московской обл.), позднее был переведён священником в Липицы. В изданном в 1813 г. описании поездки митрополита Платона в Киев (1804 г.) отражено посещение им родных мест в Липицах и Серпухове, где он учился грамоте во Владычном монастыре.
В 1804-1806 гг., на средства помещиков братьев Михаила и Николая Михайловичей Майлевских, в трапезной Благовещенского храма устроен тёплый южный придел во имя Святой Троицы. К 1848 г. в селе имелась богадельня — тогда купец Никифор Афанасьевич Колобов завещал 3000 рублей: по тысяче на содержание этой богадельни, храма и церковного причта. В целом же положение липицкого храма в середине XIX в. было критическим, например, в 1849 г. с его обветшавшей колокольни сняты колокола, а в начале следующего года из-за аварийного состояния здания приостановлено богослужение. С 1852 г. к храму Благовещения в Липицах был приписан Никольский храм села Лукьяново, строители которого помещики Степановы в 1854 г. пожертвовали 3000 руб. на поддержание причта при липицком храме и, возможно, также позаботились о его ремонте — в 1853 г. была перестроена колокольня и увеличена трапезная.
В 1880-1881 гг., на средства церковного старосты крестьянина деревни Михайловки Николая Филипповича Игумнова, при участии царскосельского 2-ой гильдии купца Федота Афанасьевича Медкова и других лиц, в храме с. Липицы устроен северный Никольский придел, освящённый 18 октября 1881 г. В 1889 г., на средства же Н. Ф. Игумнова обновлена церковная кровля. В 1893-1894 гг. на пожертвования Н. Ф. Игумнова, Ф. А. Медкова и других в основном храме тульским иконописцем Павлом Климентьевичем Григорьевым был возобновлён иконостас и исполнены стенные росписи. В 1897 г. «мастером Григорьевым» были поновлены иконостас и стенная живопись в Троицком приделе, а также иконостас Никольского придела. Тогда же взамен старых печей устроено духовое отопление.
В 1894 г. в приходе с. Липицы основано общественное попечительство под председательством священника Алексея Петровича Троицкого. Помимо имевшегося с 1876 г. училища Министерства народного просвещения, в 1895 г., в доме, приобретённом почётным членом приходского попечительства Ф. А. Медковым, в селе открыта церковно-приходская школа; в следующем году она преобразована в специальную женскую школу — которая, ввиду наплыва учащихся, сразу оказалась тесной. В 1899 г. попечитель Ф. А. Медков начинает строить по соседству с храмом новое школьное здание.
В 1781 г. в приходе с. Липиц было 160 дворов; в 1798 г. — 183 двора, 803 души мужского пола; в 1812 г. — 175 дворов, 985 душ мужского пола и 1040 — женского пола. Около 1895 г. при храме числилось более 1000 прихожан и 1174 прихожанки. В 1920-х гг. членами местного «религиозного общества» записался 61 верующий.
Храмовый причт со 2-ой половины XVIII в. был двухкомплектным, то есть включал двух священников, дьякона, двух дьячков и двух пономарей. В приход входили деревни Михайловка, Банино, Селино, Вечери; с конца 1852 г. присоединено село Лукьяново.
Приходская деревня Селино в 1890-х гг. была центром старообрядчества (имелась «раскольничья молельня»), там же сказывалось и влияние сект («хлыстовщина»). Для противодействия всему этому, с 1896 г. второй священник села Липиц Иоанн Щеглов посещал Селино, служа всенощные накануне воскресных и праздничных дней и проводя затем религиозно-нравственные беседы в доме крестьянина Ивана Полишина; приходское духовенство хлопотало о строительстве в деревне Селино школы, которая служила бы также православным молитвенным домом.
С середины XIX в. по 1930-е гг. с Липицами связана замечательная династия священнослужителей Троицких. Настоятелями сельского храма последовательно были глубоко чтимый народом священник Пётр Троицкий, его сын Алексей и внук также Алексей, расстрелянный за своё служение в 1937 г. Ещё раньше пострадали братья последнего — Димитрий, в монашестве Даниил, с 1921 г. епис-коп Болховский, викарий Орловской епархии, а с 1931 г. епископ Брянский (умер в тюрьме в 1934 г.) и Владимир, в монашестве Илларион, с 1920 г. архиепископ Верейский, викарий Московской епархии (скончался в 1929 г. по пути в ссылку, канонизирован в лике новомучеников Российских).
Богослужение в с. Липицы совершалось, по крайней мере, до конца 1934 г.: когда, 29 ноября Серпуховской горсовет постановил снять с местной колокольни колокол весом в 400 пудов (= 6 400 кг!) – и заменить его другим, в 3 – 4 пуда. Позже Благовещенский храм был закрыт; его здание использовалось как сельский клуб и спортивная школа. С 1998 г. оно возвращено Русской Православной Церкви. К 2007 г. перестроен основной объём храма, в настоящее время завершается строительство колокольни.
Архитектура липецкого храма ныне представляет собою спорный случай возрождения церковно-исторического памятника. Здание 1733-1735 гг. при огромных размерах отличалось предельной простотою, почти скудостью украшения. В современном своём виде храм, талантливо спроектированный архитектором Виктором Владимировичем Варламовым и возведённый беспримерным трудом строителей —
тем не менее, воплощает скорее художественный идеал Святой Руси, чем реальные обстоятельства достопамятной истории Благовещеской церкви в селе Липицы.